Dalam sebuah studi baru-baru ini yang diterbitkan dalam Eurosurveillance Journal, para peneliti mendeteksi garis keturunan sindrom pernapasan akut parah coronavirus 2 (SARS-CoV-2) yang samar di peternakan cerpelai di Polandia.
Studi: Silsilah SARS-CoV-2 samar diidentifikasi pada dua peternakan cerpelai sebagai kemungkinan hasil dari sirkulasi jangka panjang yang tidak terdeteksi di reservoir hewan yang tidak diketahui, Polandia, November 2022 hingga Januari 2023. Kredit Gambar: Aninspiration/Shutterstock.com
Latar belakang
Selama pandemi penyakit virus corona 2019 (COVID-19), produksi cerpelai mengalami pukulan besar di seluruh dunia, terutama setelah laporan penularan SARS-CoV-2 dari manusia ke hewan dan limpahan balik.
Namun, tidak seperti Denmark dan Belanda, di mana cerpelai dimusnahkan, Polandia tidak melakukannya. Karenanya, Polandia muncul sebagai produsen cerpelai terbesar di Eropa.
Namun, jumlah peternakan cerpelai Polandia menurun drastis, dari 350 menjadi 166, antara 2019 dan 2023. Masalah dengan impor kulit dan penurunan permintaan bulu di seluruh dunia mendorong penurunan ini.
Tentang penelitian
Di Polandia, mereka mulai menguji semua peternakan cerpelai menggunakan skema baru mulai Desember 2021 dan seterusnya untuk mendeteksi SARS-CoV-2 pada hewan ketika hewan ternak mulai menunjukkan gejala penyakit, mulai sekarat, atau pekerja yang dites positif COVID-19.
Mereka mengumpulkan penyeka orofaringeal untuk tes reaksi rantai transkripsi-polimerase terbalik (RT-PCR) real-time dari tiga peternakan (Peternakan 14, 16, & 17) yang terletak di daerah pertanian dataran rendah tetapi dalam jarak 8 km.
Para peneliti mengidentifikasi peternakan positif pertama pada Januari 2021 dan 13 peternakan lagi pada Juli 2022. Antara September 2022 dan Januari 2023, mereka mengidentifikasi tiga peternakan cerpelai positif lainnya, Peternakan 14, 16, dan 17.
Tim mengumpulkan sampel untuk melakukan whole genome sequencing (WGS), ukuran sampel yang terdeteksi masing-masing antara 50% dan 5% prevalensi, dengan kepercayaan 95%. WGS membantu para peneliti mengumpulkan data tentang perubahan genom SARS-CoV-2 yang terdeteksi di cerpelai.
Selanjutnya, para peneliti mencoba menemukan sumber potensial masuknya SARS-CoV-2 ke cerpelai. Jadi, mereka melakukan wawancara dan kunjungan lapangan sesuai prosedur yang dijelaskan dalam Sikkema et al. belajar. Tim tidak dapat melakukan pemeriksaan serologis; jadi, mereka tidak tahu apakah mink yang dites positif (dalam penelitian ini) pernah terinfeksi di masa lalu.
Hasil
Para peneliti mengidentifikasi 14 peternakan cerpelai yang positif SARS-CoV-2, di mana empat jenis varian SARS-CoV-2 yang termasuk dalam delapan garis keturunan Penugasan Filogenetik dari Wabah Global Bernama (PANGO) menyebabkan infeksi. Selanjutnya, para peneliti mendeteksi garis keturunan SARS-CoV-2 yang baru dan samar dalam durasi singkat tiga bulan di dua peternakan cerpelai dalam jarak geografis yang dekat.
Analisis filogenetik mengungkapkan bahwa virus dari kedua peternakan cerpelai membentuk kluster yang terkait erat dengan urutan genom virus B.1.1.307 yang diambil dari wilayah Polandia ini dan berbagai bagian Eropa hampir dua tahun lalu dari kasus COVID-19 pada manusia; namun, dengan >40 polimorfisme nukleotida tunggal (SNP).
Virus yang terdeteksi di peternakan cerpelai hampir identik, tetapi dengan beberapa mutasi tidak ditemukan pada galur Wuhan-Hu1 dan B.1.1.307 SARS-CoV-2 manusia, termasuk F486L dan N501T pada lonjakan (S), yang menunjukkan evolusi virus di cerpelai.
Mutasi lainnya adalah substitusi dan penghapusan asam amino pada posisi F486L, N501T, W64L, T572I, dan S929I dan posisi 140-143.
Hasil tes RT-PCR negatif untuk pekerja peternakan dan keluarga pemilik mengesampingkan kemungkinan penyebaran virus kronis yang memperkenalkan SARS-CoV-2 ke cerpelai. Sumber hewan yang tidak dapat ditentukan kemungkinan memasukkan virus ke cerpelai.
Di ketiga peternakan tempat cerpelai menguji SARS-CoV-2-positif, cerpelai mungkin telah melakukan kontak dengan kucing atau karnivora liar lainnya, yang kemungkinan besar berfungsi sebagai inang perantara untuk SARS-CoV-2.
Para peneliti mengamati bahwa ketiga peternakan yang positif SARS-CoV-2 memiliki pagar beton setinggi 1,8 m tanpa lubang untuk dimasuki hewan liar. Namun, pohon-pohon di kedua sisi yang melintang memberikan rute potensial untuk masuk ke perkebunan.
Selain itu, ada penghalang lain untuk melindungi cerpelai pertanian, misalnya kandang kawat pada tiang tanpa dinding. Di pintu masuk pertanian, ada gerbang logam bergelombang.
Wawancara dengan staf dan pemilik peternakan mengkonfirmasi keberadaan karnivora liar secara sporadis, misalnya rubah, di peternakan cerpelai. Selain itu, mereka menyebutkan bahwa spesies burung liar juga sesekali mengunjungi peternakan tersebut. Meskipun karyawan peternakan tidak mengetahui adanya cerpelai yang kabur, beberapa kemungkinan besar telah lolos.
Kemungkinan lain adalah cerpelai yang hidup bebas memperkenalkan SARS-CoV-2 ke cerpelai peternakan; Namun, hipotesis ini perlu diuji. Di sisi lain, para peneliti yakin bahwa perjumpaan dengan virus itu baru saja terjadi.
Strain SARS-CoV-2 yang terdeteksi di cerpelai peternakan berbeda dari SARS-CoV-2 yang menginfeksi manusia hanya dalam 40 nukleotida, yang menunjukkan bahwa ia diperoleh baru-baru ini dan berevolusi dengan cepat.
Mink di peternakan yang positif SARS-CoV-2 tidak memiliki gejala penyakit yang khas, yang meningkatkan kemungkinan evolusi virus independen dan sumber potensial untuk strain baru yang dapat menyebabkan wabah baru.
Sampai saat ini, mereka tidak dapat mendeteksi spillback dari garis keturunan SARS-CoV-2 samar yang teridentifikasi ke dalam populasi manusia. Tidak ada kelelawar di peternakan cerpelai. Namun, tim menemukan kucing liar di semua peternakan cerpelai yang diperiksa selama penelitian. Pengujian kotoran liar untuk SARS-CoV-2 memberikan hasil negatif.
Kesimpulan
Meskipun ada pengurangan nyata dalam peternakan cerpelai, mereka masih ada di Polandia, berfungsi sebagai tempat berkembang biak bagi manusia-ke-hewan dan penyebaran terbalik SARS-CoV-2. Studi tersebut menyoroti perlunya meningkatkan frekuensi pengawasan rutin SARS-CoV-2 di peternakan cerpelai, terutama karena hewan tersebut tidak menunjukkan gejala.
Yang penting, otoritas Polandia harus memperkuat pengujian untuk pekerja pertanian, pemilik, dan keluarga mereka. Selain itu, harus ada pengujian molekuler dan serologis hewan liar secara sporadis, seperti cerpelai liar, kucing, martens, rubah, dll.
Dengan tidak adanya pengawasan wajib, menemukan sumber masuknya virus menjadi tidak mungkin, dan tetap tidak terdeteksi. Seperti yang ditunjukkan oleh studi tersebut, hanya mengandalkan pengawasan pasif setelah wabah bergejala tidak memadai.